Le projet FOGRIMMI
Les pathologistes utilisent leur outil de travail, le microscope, depuis le 17ème siècle et la plus grande partie de leur analyse est visuelle. C'est pourquoi l'imagerie pathologique est devenue un environnement d'imagerie médicale d'importance grandissante qui présente de nombreux défis. La toute dernière génération de stations d'imagerie pathologique permet de disposer d'interfaces pour la microscopie virtuelle par l'Imagerie d'une Lame Entière (ILE). L'ILE produit cependant des images énormes pour une unique lame non compressée (environ 30 Go) et la gestion de telles masses de données représente un réel défi de cette nouvelle ère de la microscopie numérique. Les images d'ILE sont représentées par un seul fichier contenant l'image à pleine résolution et par une séquence d'images codant différentes résolutions de l'image de base. Ce type d'images a donc la particularité de faire apparaître différentes structures à différentes résolutions. Ces images mêlent de façon intrinsèque une représentation multi-résolution et multi-échelle. Ce projet de recherche est consacré à la conception et à la validation d'un modèle permettant de coder les différentes structures contenues dans de telles images à leur résolution intrinsèque. Le modèle sera validé à l'aide de deux applications (en histologie et en cytologie) sur des images d'ILE en collaboration avec le centre anti-cancéreux François Baclesse. Ce projet présente donc deux volets innovants : l'un fondamental sur la structuration et la segmentation hiérarchique d'images et l'autre applicatif en imagerie pathologique par le traitement d'images d'ILE.
Un scanner de lames entières
